《新少林五祖粤语版》讲述了一段发生在明朝末年的武林传奇故事。影片以少林寺为中心，围绕五位武功卓绝且性格迥异的少林高僧展开，他们分别代表着五种不同的拳法和人生理念。故事背景设定在动荡的时期，朝廷衰败，匪患四起，武林各派势力暗潮涌动，少林寺面临前所未有的危机。

影片主要情节围绕五祖如何携手应对外敌入侵以及内部矛盾展开。五祖分别是刚正不阿的慧能师傅、机智灵巧的慧明法师、稳重深沉的慧坚师傅、热情豪迈的慧海法师和深藏不露的慧远大师。他们不仅在武学上各有精深，更在性格上形成鲜明对比，反映了不同的处世哲学。刚开始他们因理念冲突产生分歧，但随着剧情推进，他们逐渐领悟团结合作的重要性。

影片高潮发生在少林寺遭受朝廷腐败军队和黑暗势力联手围攻时，五祖联手施展绝学，以少林武功击退敌军，同时揭露隐藏在权力背后的阴谋。最终，五祖不仅守护了少林寺的尊严，也让武林重归和平。影片以五祖共同传承少林精神、继续开创武林新篇章的画面结束，传递出团结、坚持与信念的重要主题。